Príbeh sa vracia do Shibuya a sleduje nové obdobie v podzemí okresu, keď sa mladý chlapec Rindo zúčastňuje hry „Reaper“ spolu s ďalšími hráčmi a spolupracuje priamo so svojimi spoločníkmi ako Fret, Nagi a Minamimoto. Počas boja o svoje prežitie sa zdá, že Rindo prežíva aj záhadné vízie, ktoré podľa neho predstavujú záblesky budúcnosti a potenciálne zničenie samotnej Šibujy.

Popri Rindovom dobrodružstve na život a na smrť sa záhadná Tsugumi Matsunae pohybuje okolo svojej vlastnej neznámej agendy. Zdá sa, že má nejaký záujem o Rinda, ktorý verí, že ju nejako pozná, ale nevie celkom dobre povedať prečo.

Po boku Šibuja je Rindo videný na ulici Takeshita, ktorá je ikonickým miestom v inej tokijskej štvrti Harajuku. V súvislosti s odkazmi na Nový deň sa tiež verí, že sa preskúma osud okresu Shinjuku po jeho zničení v dôsledku inverzie.

Hra vychádza z priania vývojára a má moderný prístup k estetike hry; zatiaľ čo pokračovanie predchádzajúceho titulu, Shibuya bola prepracovaná tak, aby zodpovedala jej súčasnému vzhľadu v ére roku 2020. Budovy boli aktualizované tak, aby zodpovedali ich súčasným dizajnom, pretože Shibuya prešla za posledné desaťročie veľkým vývojom. Na rozdiel od prvej hry tiež obsahuje správne názvy pre väčšinu nákupných centier a pamiatok (s výnimkou budovy 104, kvôli ikonickému stavu značky hry a určitým ochranným známkam zo skutočného života, na ktoré sa odkazuje v reklamách).

Postavy tiež využívajú moderné smartfóny na interakciu s Reaperom a hernými mechanizmami. To to tiež zosúlaďuje s filmom The World Ends with You: The Animation, ktorý prispôsobuje prvý titul priamo do Shibuya súčasnej doby, ktorá bude zodpovedať vizuálnemu štýlu NEO.